这两个词意义相近，但在表达程度上有区别。
勾结有结成一体，攻守同盟的意思，勾结多指有着广泛共同利益的非正义共同体，在表达紧密性上程度更深。
勾连则是表示有着单个或几个共同利益关系的非正义共同体，紧密程度比较松散，一旦受正义力量的阻止就会土崩瓦解。
因此这两个词主要区别在表达关系的紧密程度上。
勾结与勾连的区别
勾结与勾连虽然在含义上有相同的地方，但却是不完全一样的两个汉语词汇，有一些区别。
其中勾结（拼音：gōu jié），语出自《醒世恒言·蔡瑞虹忍辱报仇》：“一定是你们倒勾结来捉弄我的，快快把银两还了便罢。” ，意思是暗中的不正当的联系、结合。而勾连（拼音：gou lian），语出自宋·赵令畤《侯鲭录》卷七：“老种太尉师道预知金人反覆，上进二诗，多为张六太尉者收藏不达，已备言大金连结情状，后果叛盟。诗曰：‘外塞胡儿里党臣，勾连数众赴京城。团团阔阔孤平寨，不识皇家王气星。’”，意思指串通一气。
由上述定义及出处可见，虽然勾结与勾连两者在含义上有相似的地方，但是勾结更强调暗中不正当的联系，带有使用者极强的情绪化而勾连则是以表达事实为重点，语气上与勾结相比更为平淡。所以批判性的文章或小说常喜欢使用勾结来体现作者的态度而史书、纪实文学则更常用勾连来描述某个事实。