商业物流信息系统可以帮助企业提高物流效率的方法有很多。首先，它可以提供实时的库存管理和跟踪功能，帮助企业准确掌握库存情况，避免库存积压或短缺，从而降低库存成本。其次，物流信息系统可以优化运输路线和运输模式，提高运输效率，降低运输成本。再者，该系统可以整合供应链各个环节的信息，实现信息共享和协同，提高供应链的整体效率。另外，商业物流信息系统还可以提供数据分析和预测功能，帮助企业更好地规划物流活动，提前应对可能出现的问题，从而提高物流运作的灵活性和应变能力。
举个例子，某家电子产品制造企业引入了物流信息系统后，发现原来的库存管理存在很多问题，经常出现库存积压或断货的情况，导致了大量资金的闲置和客户的投诉。通过物流信息系统，他们实现了对库存的实时监控和管理，建立了定时补货的机制，大大减少了库存积压和断货现象，降低了库存成本。同时，系统还为他们提供了运输路线和模式的优化方案，使得运输成本降低了10%，效率提高了20%。
综上所述，商业物流信息系统通过提供实时管理、优化路线、整合协同、数据分析等功能，能够帮助企业提高物流效率，降低成本，提高服务质量，增强竞争力。